Am 25. August 1839 wurde die Verbindung München - Lochhausen von der München-Augsburger Bahn in Betrieb genommen. In dem kleinen Ort Pasing war ein Halt nicht vorgesehen. Erst ein Jahr später wurde ein Haltepunkt eingerichtet. Am 29. November 1848 erhielt Pasing seinen ersten Bahnhof, der noch heute in Betrieb ist. Die Bahn war inzwischen verstaatlicht worden. Aber erst mit Eröffnung der Strecke nach Starnberg am 21. Mai 1854 erhielt Pasing die Funktion eines Bahnhofs. Im Zuge der Bauarbeiten für die Strecke München - Buchloe wurde auch der Bahnhof Pasing ausgebaut. So erhielt er sechs Bahnsteiggleise, eine Ortsgüteranlage mit Ladegleis und Rampe. Das Empfangsgebäude wurde neu gebaut und am 16. Oktober 1876 in eine Post- und Bahnverwaltung eingestuft. Auch in Pasing wurden drei Musterstellwerke eingerichtet, um die zentrale Steuerung der Weichen- und Signalanlagen zu erproben. Am 1. Juli 1903 eröffnete der Verkehr einer Lokalbahn nach Herrsching. Der Güterbahnhof entstand 1900/1901. Ab dem 1. Oktober 1938 wurde, nach Eingemeindung der Gemeinde Pasing nach München, der Bahnhof in München-Pasing umbenannt. 1939 wurden die Bahnhofsanlagen im Zuge der Erweiterung des Hauptbahnhofs erheblich umgebaut. 1942 stellte man die Bauarbeiten ein. Ab Juni 1952 bis 1959 gab es wiederum erhebliche Umbauten im Bahnhof. Dies betraf hauptsächlich den Abstellbahnhof. Im Personenbahnhof erweiterte die Bundesbahn die Bahnsteiggleise auf neun Gleise. Diese lagen 100 m nördlich der alten Gleisanlage. Dadurch wurde der alten Bahnsteighalle die eigentliche Funktion genommen. Sie dient heute als Einkaufspassage. Die Gleise der Strecke nach Buchloe wurden am 15. Mai 1956 an den neuen Bahnhof angeschlossen. 1966 begann der Umbau für die S-Bahn. 1994 sanierte man die Fassade des alten Empfangsgebäudes.